PCR技术的本质是体外核酸扩增，加热使双链DNA解开螺旋，在退火温度条件下引物同模板DNA杂交，在Taq DNA聚合酶，dNTPs，Mg2+和合适pH缓冲液存在条件下延伸引物，重复 “变性→退火→引物延伸”过程至25～30个循环，呈指数级扩大待测样本中的核酸拷贝数。
原理：
PCR的基本原理：在PCR技术的发展过程中，热稳定DNA聚合酶的发现以及温度循环的自动化大大简化了PCR程序，使PCR的自动化成为可能，并在此基础上不断发展和改进。
PCR基因扩增仪的工作原理：
PCR基因扩增仪工作关键是温度控制。
1.水浴锅控温：以不同温度的水浴锅串联成一个控温体系。
2.压缩机控温：由压缩机自动控温，金属导热，控温较第一代PCR基因扩增仪方便，但压缩机故障率高，边缘效应及温度overshooting现象严重。
3. 半导体控温：由半导体自动控温，金属导热，控温方便，体积小，相对稳定性好。
4. 离心式空气加热控温：由金属线圈加热，采用空气作为导热媒介，温度均一性好，各孔扩增效率高度一致，满足荧光定量PCR的高要求。
分类：
PCR扩增仪的分类与结构：
PCR扩增仪的种类总体来说，可以分成两大类，即普通PCR扩增仪和实时荧光定量PCR扩增仪。
1、 普通PCR扩增仪
1）.普通PCR扩增仪即通常所谓的定性PCR扩增仪。
2）.梯度PCR仪是由普通PCR仪衍生出的带梯度PCR功能的基因扩增仪。
3）.原位PCR仪是由普通PCR仪衍生出的带原位扩增功能的基因扩增仪。
2、 实时荧光定量PCR扩增仪
1.金属板式实时定量PCR仪，还可作为普通PCR仪使用，有的甚至带梯度功能，可容纳的样本量大，无需特殊耗材，但温度均一性欠佳，有边缘效应，标准曲线的反应条件难以做到与样品wan全一致。
2.离心式实时定量PCR仪的PCR扩增样品槽被设计为离心转子，温度均一性好，但可容纳样品量少，有的需用特殊毛细管作样品管，增加了使用成本，也不带梯度功能。
3.各孔独立控温的定量PCR仪的不同样品槽分别拥有独立的智能升降温模块，各孔独立控温，适合多指标快速检测，可实现任意梯度反应，但上样不如传统方法方便，而且需要du特的扁平反应管，使用成本较高。
操作规程：
1、普通PCR扩增仪的操作非常简便，接通电源，仪器自检，设置温度程序或调出储存的程序运行即可。
2、定量PCR扩增仪的操作和普通PCR仪基本相同。
常见故障：
①荧光染料污染样品孔；
②PCR管融化，原因可能是温度传感器出问题或是热盖出问题；
③个别孔扩增效率差异很大，可能的原因是半导体模块出现坏点；
④荧光强度减弱或不稳定，产生的原因有滤光片发霉或有水汽，或光源损耗（以卤钨灯为光源的），需更换光源；或需调节检测元件灵敏度；
⑤仪器工作时出现噪音。
以上故障部分可自行检查，部分需工程师检修。
