ELISA实验只能检测可溶性蛋白质的含量，因此要求样本应清晰透明并离心除去沉淀物或悬浮物质。为确保实验的准确性， -20℃或-80℃保存的样本应在1-6个月内完成检测，4℃保存的样本在一周内完成检测。此外，样本中不能含有会抑制HRP活性的NaN3，否则会造成假阴性结果。
可用于ELISA实验的样本一般有血清、血浆、细胞培养上清以及组织匀浆等。不同样本类型的预处理方法也不同。适当的样本预处理是确保ELISA实验正确性和准确性的第一步。液体样本处理原则：所有的液体样本，用无菌管收集，2-8℃条件离心20分钟左右（2000-3000转/分）。
一、常规样本处理方式：
1、血清
血清是ELISA实验最常用的样本，其预处理也十分简单。使用无热原无内毒素的试管或离心管采集血液样本，将试管或离心管在室内温度下放置自然凝固（视室温环境10分钟到2小时不等）或4℃过夜，分离出血清，（建议倾斜试管或离心管以扩大液面的横截面，使血清能更大程度的分离出来，），2-8℃条件离心5分钟左右（5000-6000转/分钟），仔细收集上清，立即进行测定，建议在-20℃或-80℃下将收集的血清分装保存，避免反复冻融，保存过程中如出现沉淀，应再次离心。
注意事项：在收集血液样本的过程中应避免溶血，因为红细胞在溶解时会释放具有过氧化物酶活性的物质，这种情况下，ELISA实验中将会出现非特异性显色反应，导致检测结果不准确，出现假阳性结果。另外，样本还应避免细菌污染，因为细菌可能含有内源性HRP，也会导致检测结果不准确。
2、血浆
应根据标本的要求选择EDTA、肝素钠、枸橼酸纳或柠檬酸钠作为抗凝剂，使用含抗凝剂的采血管或离心管采集血液样本，采集后30分钟内，混合10-20分钟后，2-8℃条件离心5分钟左右（5000-6000转/分钟），仔细收集上清液（血浆），建议在-20℃或-80℃下将收集的血清分装保存，避免反复冻融。样本应避免溶血或高血脂。保存过程中如有沉淀形成，使用前应该再次离心。
注意事项：检测前请仔细阅读ELISA试剂盒说明书，查看该试剂盒针对抗凝剂是否有特殊要求。
3、细胞培养上清
检测分泌性的成份时，用无菌管收集。将细胞培养上清液吸入离心管中并以2-8℃条件离心5分钟左右（5000-6000转/分钟），除去细胞碎片和杂质，收集上清液备用，样本保存在-20℃或-80℃，避免反复冻融，保存过程中如有沉淀形成，使用前应再次离心。
4、 细胞裂解液
① 吸出培养板中的培养基，用胰蛋白酶消化细胞，再加入适量的培养基，将培养板上的细胞冲洗干净（悬浮细胞可以省略该步骤）；
② 将细胞悬浮液收集到离心管中，在2-8℃条件下，以1000×g离心5分钟，再吸去培养基，用预冷PBS洗涤细胞3次；
③ 加入适量的预冷PBS（建议在使用前立即加入蛋白酶抑制剂），重悬细胞。添加比例：约1×106个细胞加入150-250μL PBS重悬细胞；
④ 使样本在-20℃或-80℃条件和室温条件下反复冻融，重复冻融过程数次，直至细胞完全裂解。也可使用超声波细胞破碎器，超声处理悬浮液来裂解细胞；
⑤ 2-8℃条件下，以1500×g离心10分钟，去除细胞碎片，收集上清液。
5、组织匀浆
① 用预冷的PBS（0.01M，PH7.4）冲洗组织，除去表面残留的血液或杂质；
② 将组织块称重，再切成尽可能小的碎块，以便充分匀浆；
③ 加入适量的预冷PBS（一般按1:9的重量体积比，比如1g组织样品对应9mL PBS，具体体积可根据实验需要适当调整，并做好记录。推荐在PBS中加入蛋白酶抑制剂），用玻璃匀浆器在冰上或冰浴中充分匀浆。为了进一步裂解组织细胞，可以对匀浆液进行超声破碎，或反复冻融；
④ 将匀浆液吸入离心管中，2-8℃条件下，以5000×g离心5分钟，收集上清液。
二、特殊样本处理方式
1、 唾液
在2-8℃条件下，4000×g离心10分钟，以去除杂质。取上清，即可检测。建议使用新鲜的唾液样本。
2、 尿液
使用无菌容器收集尿液样本。在2-8℃条件下，1000×g离心15分钟，以去除杂质。取上清，即可检测。
3、粪便
以9mL/g的比例，向粪便中添加PBS缓冲液（0.01M，pH=7.4；可选择性添加0.05M EDTA），置于冰上振荡15分钟。在2-8℃条件下，5000×g离心5-10分钟，取上清，即可检测。
三、样本注意事项：
1、样本收集
1）. 血液样本采集时，应尽可能避免溶血现象，同时也应避免细菌污染，以免造成假阳性结果。
2）. 避免使用高血脂样本。脂质会影响抗原抗体的结合，从而影响测值的准确性。
2、样本保存
样品收集后，若在1周内进行检测，可保存于2-8℃的环境中；若不能及时检测，请按一次使用量分装，冻存于-20℃（1个月内检测）或-80℃（3个月内检测）的环境中，避免反复冻融。实验前，建议再次离心，去除沉淀物。
3、样本稀释
试剂盒的检测范围不等同于样本的浓度范围。如果样品中检测物浓度高于标准品的最高值，请根据实际情况，做适当倍数稀释（建议查阅文献，并做预实验）。
4、样本成分
收集组织与细胞提取液样本时，不建议使用商品化的裂解试剂。裂解试剂中的成分，可能会影响抗原抗体结合，或造成基质干扰，最终影响实验结果。
