手工洗板人为因素比较大，实验人员必须经验丰富，洗涤次数要足够，冲击力又不要太大，加入的洗液量以刚满反应孔为限，防止孔口内有游离酶未能洗净，同时防止孔与孔之间液体交叉。洗涤结束后扣干亦非常重要，否则易造成假阳性。每次洗完板后，在吸水纸上轻轻拍干，拍板时要垂直，避免交叉感染。用力不能过猛，防止抗原抗体复合物脱离;吸水纸要一次性使用，应使用不易脱落碎屑的吸水纸为宜。酶结合物不耐干燥，特别在较高的温度下更易失活，所以拍干的反应板应尽量缩短在空气中暴露的时间，时间越长，吸光度值越低。
洗涤在ELISA试验过程中虽不是一个反应步骤，但却也决定着实验的成败。ELSIA试验就是靠洗涤来达到分离游离的和结合的酶标记物的目的。通过洗涤以清除残留在板孔中没能与固相抗原或抗体结合的物质，以及在反应过程中非特异性地吸附于固相载体的干扰物质。聚苯乙烯等塑料对蛋白质的吸附是普遍性的，而在洗涤时又应把这种非特异性吸附的干扰物质洗涤下来。可以说在ELISA试验操作中，洗涤是最主要的关键技术。
洗涤的方式除某些ELISA试验仪器配有特殊的自动洗涤仪外，手工操作有浸泡式和流水冲洗式两种，过程如下：
一、浸泡式
1.吸干或甩干孔内反应液；
2.用洗涤液过洗一遍（将洗涤液注满板孔后，即甩去）；
3.浸泡，即将洗涤液注满板孔，放置1～2分钟，间歇摇动，浸泡时间不可随意缩短；
4.吸干孔内液体。吸干应彻底，可用水泵或真空泵抽吸，也可甩去液体后在清洁毛巾或吸水纸上拍干；
5.重复操作步骤3和4，洗涤3～4次（或按说明规定）。在间接法中如本底较高，可增加洗涤次数或延长浸泡时间。
微量滴定板多采用浸泡式洗涤法。洗涤液多为含非离子型洗涤剂的中性缓冲液。聚苯乙烯载体与蛋白质的结合是疏水性的，非离子型洗涤剂既含疏水基团，也含亲水基团，其疏水基团与蛋白质的疏水基团借疏水键结合，从而削弱蛋白质与固相载体的结合，并借助于亲水基团和水分子的结合作用，使蛋白质回复到水溶液状态，从而脱离固相载体。
洗涤液中的非离子型洗涤剂一般是吐温20，其浓度可在0.05%～0.2%之间，高于0.2%时，可使包被在固相上的抗原或抗体解吸附而减低试验的灵敏度。
二、流水冲洗式
流水冲洗法最初用于小珠载体的洗涤，洗涤液仅为蒸馏水甚至可用自来水。洗涤时附接一特殊装置，使小珠在流水冲击下不断地滚动淋洗，持续冲洗2分钟后，吸干液体，再用蒸馏水浸泡2分钟，吸干即可。浸泡式犹如盆浴，流水冲洗式则好比淋浴，其洗涤效果更为彻底，且也简便、快速。
已有实验表明，流水冲洗式同样也适用于微量滴定板的洗涤。洗涤时设法加大水流量或加大水压，让水流冲击板孔表面，洗涤效果更佳。
