PCR聚合酶链反应技术是在体外进行的由引物介导的酶促DNA扩增反应。PCR反应的关键环节：①模板核酸的制备；②引物的质量与特异性；③酶的质量；④PCR条件。寻找原因亦应针对上述环节进行分析检测。
1、 模板
a．模板质量不佳，含有杂蛋白质，特别是染色体中的组蛋白；模板核酸变性不够；提取制备模板时丢失过多，或吸入酚。建议选择质量可靠的提取试剂，重新提取高纯度基因组模板；若模板为cDNA，需要检查逆转录反应及其所用RNA的纯度及完整度。
b．模板中含有尿嘧啶抑制高保真酶的活性，或含有Taq酶抑制剂。
c．模板浓度过高，或含有一些buffer，抑制PCR扩增，如cDNA模板，建议稀释后再使用。
d．靶序列变异。如靶序列发生突变或缺失，影响引物与模板特异性结合，或因靶序列某段缺失使引物与模板失去互补序列，导致PCR不能有效扩增。
2、引物：引物的设计、引物质量是PCR扩增成败的关键。
a．引物设计不合理，如引物长度不够、引物之间形成二聚体等，需要重新设计引物。
b．合成高质量、高纯度级别的引物。
c．引物应高浓度小量分装保存，防止多次冻融或长期4℃保存，导致引物降解失效。
3、 酶的质量：
a．酶失活，建议更换新酶，或新旧两种酶同时使用，以分析是否因酶的活性丧失或活性降低而导致没有产物。
b．酶扩增效率低，建议更换扩增效率高的酶。
4、 PCR条件:
a．PCR扩增条件：变性对PCR扩增相当重要，如变性温度低、变性时间短都有可能出现扩增无产物；退火温度过低，可导致非特异性扩增而降低特异性扩增效率；退火温度过高影响引物与模板的结合而降低PCR扩增效率。
b．Mg2+浓度：Mg2+浓度对PCR扩增效率影响很大，浓度过高会降低PCR扩增的特异性，浓度过低则影响PCR扩增产量甚至使PCR扩增失败。
c．反应体系：反应体系配制错误，建议重复实验。通常进行PCR预实验采用的是小体系，正式实验如需扩大体系时，一定要重新摸索条件，否则容易出现扩增效果不理想或者失败。
